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容器育苗與苗床育苗相比，不能施入基肥，否則會導(dǎo)致某些元素的濃度過高，造成死苗。一般只施以適量的堆肥，而追肥的效果也不錯。
容器育苗的施肥，通常是將含有一定比例氮、磷、鉀養(yǎng)分的混合肥料，按1∶200的濃度配成水溶液，通過灌水系統(tǒng)進(jìn)行噴施或灌根。后期根據(jù)苗木各個生長期的不同要求，不斷調(diào)整養(yǎng)分的比例和施用量，以達(dá)到最佳效果。
灌根一般在傍晚進(jìn)行，溫度過高時不宜進(jìn)行。施用農(nóng)家肥必須充分漚熟，既殺死肥中的病菌和有害蟲卵，也避免燒苗。根外追肥一般一周1～2次，以清晨進(jìn)行為好。根外追肥與根施相比，用量少，效率高，一般植物葉片8小時后可吸收60%的葉面肥。對某些微量元素，土壤施入往往無效，因此，可多采用根外追肥的方式，并將兩種追肥方式配合進(jìn)行。無論哪種方式，都應(yīng)先淡后濃，一旦發(fā)現(xiàn)施肥過量，要盡快灌水沖淡。
生物肥料對某些苗木的生長作用明顯，如松樹。不過，松樹用容器育苗時，菌根菌較難傳播，應(yīng)進(jìn)行人工接種，將有菌根菌的土壤鋪蓋在容器土壤表面。一般菌根土應(yīng)取自同種松樹根系的周圍。接種時間應(yīng)選在松樹種子發(fā)芽后一個月左右，如過早放入，幼苗側(cè)根未形成，菌根菌沒有寄主，往往失效。但豆料植物，如金合歡、合歡、紫荊、紫藤等，大都有可以固氮的根瘤菌，而磷肥在很大程度上可以促進(jìn)根瘤菌的發(fā)展。因此這類苗木對磷肥的要求較高，對氮肥要求較低。
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